Le COBAHMA est présidé par M. Guy MULLER, élu le 17 juin 2015 et a un vice-président, M. Jean-François RAYNAL, élu le 23 juin 2015 (et ancien président du COBAHMA).
Le syndicat est administré par un comité syndical dans sa forme plénière, un bureau (organe délibérant) et quatre commissions géographiques pour la compétence « maîtrise d’ouvrage des opérations de gestion patrimoniales et d’hydrologie des cours de leurs annexes »
Le comité syndical rassemble l’ensemble des délégués (titulaires ou suppléants) des communes, des EPCI et du Conseil Départemental des Yvelines. Il se rassemble au moins une fois par an en séance publique sur l’initiative du président du syndicat, et peut être réuni en séance extraordinaire en séance publique à la demande du président du syndicat ou d’un tiers de ses membres sur un ordre du jour déterminé. Le Comité Syndical peut également se réunir en séance privée sur un objet défini mais le vote devra se faire en séance publique.
Le Comité Syndical ne délibère que si le quorum est atteint soit si plus de la moitié des membres sont présents.
A la majorité absolue, le Comité Syndical a compétence pour