La Mauldre est dotée de deux séries d’affluents aux caractéristiques très différentes.

Les affluents de la rive gauche, rus de Lieutel et de Breuil, Guyonne et Guyon, ainsi d’ailleurs que la Mauldre amont elle-même, offrent des chevelus (réseau hydrographique superficiel dense qui évoque une chevelure) assez à très développés, avec un nombre considérable de fossés agricoles, et sont parsemés de zones humides en liaison avec leur lit, certes relictuelles mais significatives en nombre. Ces sous-bassins et parties de bassins sont à dominante rurale.

Les affluents de la rive droite, rus d’Elancourt et de Maurepas, ru de Maldroit, et ru de Gally, présentent des chevelus beaucoup moins denses, plus rectilignes, et très peu d’annexes hydrauliques. Ces sous-bassins sont fortement marqués par leur amont urbain. Leur cours est souvent régulé par des bassins de retenue. Par ailleurs, les activités humaines des communes qu’ils traversent (Plaisir, Maurepas, Coignères, Elancourt, Trappes, Versailles, etc.) contribuent à la dégradation de la qualité de l’eau. En effet, le débit naturel de ces rus ne permet pas, le plus souvent, d’assurer une dilution satisfaisante des effluents des stations d’épuration.

La partie de la Mauldre moyenne et le sous-bassin de la Mauldre aval offrent ainsi le paradoxe d’un paysage rural, mais dans lequel s'insère une rivière fortement marquée par les rejets de son amont urbain.