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Dans les zones urbanisées et dans les zones agricoles, les caractéristiques hydromorphologiques naturelles des cours d’eau ont subi d’importantes atteintes et transformations (endiguement, busage, artificialisations locales ou étendues des berges, pose de merlons ou de bourrelets de curage, destruction ou disparition de la ripisylve...).
Les altérations les plus présentes sur le bassin versant sont liées au recalibrage, à la rectification des cours d’eau et à la faible présence de la ripisylve. Les bassins versants les plus impactés sont le Maldroit, les rus d’Élancourt et de Maurepas, le ru de Gally (notamment dans la partie amont jusqu’à la commune de Chavenay), le Lieutel (ru du Breuil et ru de Ponteux vers la STEP de Méré), et le ru de Gaudigny pour le bassin versant de la Guyonne.
Par ailleurs, de nombreux ouvrages sont implantés en travers des cours d’eau (seuils, vannes, clapets...) et modifient les conditions naturelles d’écoulement de l’eau et des sédiments (cf. carte 45). Un certain nombre d’ouvrages jouent un rôle hydraulique ou de gestion des crues ; d’autres, témoins d’anciennes utilisations, n’ont plus d’usage reconnu à ce jour.
La présence de ces ouvrages entrave la libre circulation piscicole, isolant les populations principalement cyprinidés, mais limite également les possibilités de migration de l’anguille et de la truite Fario, dont la présence est détectée sur plusieurs cours d’eau du bassin versant. En particulier, la Mauldre et la Guyonne sont classées en liste 1 et 2 au titre de l’article L. .214-17-I du Code de l’environnement, par le critère de la présence de grands migrateurs amphihalins.