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La qualité physico-chimique des eaux superficielles est globalement moyenne à dégradée. Seul le bilan de l’oxygène est globalement bon.
Pour le phosphore, la qualité des eaux reste globalement médiocre à mauvaise, au sens de la Directive Cadre sur l’Eau , sur l’ensemble du territoire. Le phosphore total, premier paramètre de risque de non atteinte du bon état physico-chimique sur le bassin Seine Normandie, est le paramètre avec les concentrations les plus élevées par rapport aux seuils du bon état. Ainsi le percentile 90 des concentrations en phosphore est 5 fois plus élevé que la norme admissible (critères de la DCE) sur le Lieutel, 2 à 3 fois plus élevé sur la Mauldre amont, le Maldroit ou la Guyonne et jusqu’à 10 fois supérieur au seuil admissible sur le ru de Gally.
La faible capacité de dilution des cours d’eau du bassin versant par rapport aux rejets reçus (le cumul des rejets des stations d’épuration représente 92 % du débit d’étiage de la Mauldre à Aulnay-sur-Mauldre) ainsi que le déficit, encore jusqu’à peu, de traitement du phosphore explique en grande partie ces résultats.
Concernant les paramètres azotés, l’ammonium et les nitrites impactent également la qualité des eaux du bassin versant de manière significative (ces deux paramètres étant toxiques pour la vie aquatique). Les concentrations en nitrates témoignent d’un bon état vis-à-vis des critères de la DCE (excepté sur le ru de Gally) bien que les concentrations soient, sur certains secteurs, supérieures à 25 mg/l notamment sur le Lieutel avec des concentrations entre 30 et 40 mg/l, ainsi que sur le ru de Gaudigny (bassin versant de la Guyonne) et la Mauldre aval.
La qualité physico-chimique des eaux superficielles de la Mauldre est indiquée sur les cartes 23 à 27 de l’atlas cartographique du SAGE.