Dans le SDAGE Seine-Normandie, le bassin versant de la Mauldre est compris dans la masse souterraine FRHG103 (tertiaires du mantois à l’hurepoix). Concernant l’aspect qualitatif, cette masse d’eau a un état médiocre principalement lié à la présence de nitrates, pesticides et OHV (composés Organo-Halogénés Volatils). Elle a un objectif de bon état qualitatif fixé à 2027.
La qualité des eaux souterraines pour le paramètre nitrates sur le bassin versant de la Mauldre reste globalement bonne au regard des seuils fixés pour les eaux brutes . Néanmoins une analyse plus fine prenant en compte la norme eau distribuée et les seuils fixés par le SDAGE montre des concentrations en nitrates non négligeables et relativement stables dans le temps (sur le champ captant des Bîmes, par exemple, les concentrations se maintiennent à 40 mg/l depuis une vingtaine d’années), des pics supérieurs au seuil de 40 mg/l y sont ponctuellement observés (51 mg par exemple le 09/12/2014)
Les eaux distribuées comme les eaux brutes doivent respecter des seuils de concentrations en phytosanitaires pour être conformes. Les concentrations dans les eaux brutes et distribuées doivent être inférieures respectivement à 2 et à 0,1 µg/l/substance active et inférieures respectivement à 5 et à 0,5 µg/l pour la somme de ces substances.
En 2012, la molécule de produits phytosanitaires détectée dans les eaux souterraines à des concentrations supérieures ou égales à 0,1 µg/l était la déséthylatrazine (produit de dégradation de l’atrazine, molécule interdite depuis 2003).
Entre 2011 et 2014, d’autres molécules ont été détectées, à des concentrations inférieures à 0,1 µg/l (atrazine, diuron, carbendazime, flufenoxuron, chlortoluron, oxadixyl, méthaldéhyde, métolachlore).
La qualité bactériologique des eaux souterraines du bassin versant de la Mauldre ne présente pas de problèmes majeurs.
Sur le territoire de la Mauldre se trouvent 3 captages prioritaires « Grenelle » : Aulnay-sur-Mauldre, F5 La Chapelle et B2 Les Bîmes. Ces captages sont particulièrement menacés par les pollutions diffuses (nitrates et pesticides en particulier) et ont une grande valeur patrimoniale. Ces captages, ainsi que le captage B1 des Bîmes et F4 de la Chapelle sont prioritaires SDAGE