Les zones humides présentent différents fonctionnalités et services rendus par rapport à la gestion de l'eau tant d'un point de vue qualitatif (épuration des eaux par filtration des contaminants, etc.) que quantitatif (rôle hydrologique : écrêtements des crues, zones d’expansion des crues, soutien d'étiage, etc.) et écologique (biodiversité, etc.).
Pour plus de détails, cf la rubrique « Préserver et restaurer les zones humides et les mares »
Un important travail d’acquisition des connaissances a été mené par le COBAHMA en réalisant un recensement non exhaustif des zones humides du bassin versant. 170 zones humides effectives ont ainsi été délimitées pour une surface de 12,7 km² soit environ 3,2 % de la surface du bassin versant de la Mauldre. Un premier tri a ensuite été réalisé afin de faire ressortir les zones humides effectives à enjeu. L’identification des menaces devra permettre d’identifier les zones humides prioritaires.
Les principaux enjeux sur cette thématique sont de renforcer la protection des zones humides par rapport aux pressions d'urbanisation et d’assurer la non-dégradation des zones humides. Pour cela, la transcription dans les documents d’urbanisme apparaît comme l’un des points clés.